坚持“科技强校”，鼓励教师以科学研究促进本科教学。设立了艾滋病研究所、肝病研究所、老年医学研究所、儿科研究所、中药研究所、中医基础理论与应用研究所、糖尿病研究所、针灸研究所、肿瘤研究所、心血管疾病研究所、中医药文献研究所和中医药与经济社会发展研究中心等研究机构。早在“七五”期间，学校就承担了脾胃病方面的国家重大科技攻关课题。“十五”期间教师雷竞技电竞3635篇，其中被SCI、EI、ISTP收录20篇；获省部级科技成果奖53项；出版各类专著192部；各类科研立项307项。其中国家973计划课题2项，国家863计划课题1项，国家自然科学基金课题5项，国家“十五”科技攻关课题9项，教育部重点研究课题6项，教育部新世纪优秀人才支持计划1项，国家中医药管理局课题12项，科研总经费4700万元。支持教师开展教育教学研究。2003年以来教学研究课题立项202项，其中省级15项，厅局级37项；获得教学成果奖87项，其中省级7项，厅级49项；公开发表教学研究论文488篇。学校主办有《河南中医》和《河南中医学院学报》两种省级学术期刊，国内外公开发行。《河南中医》先后被评为全国中医药优秀期刊、全国高校优秀科技期刊和河南省优秀科技期刊；《河南中医学院学报》2006年获得教育部“首届中国高校特色科技期刊”奖。重视学位与研究生教育。1979年，学校被国务院学位委员会批准面向全国招收和培养硕士学位研究生；1981年，被批准为首批硕士学位授予单位。现有中医学、中西医结合、药学、中药学等4个硕士学位授权一级学科，23个硕士学位授权学科、专业。1997年起相继与北京、上海、黑龙江、天津、辽宁等中医药大学和中国中医科学院联合培养博士研究生。2003年，被教育部正式批准为联合培养博士研究生工作单位，2006年，一附院被人事部批准为博士后科研工作站。抓住高等教育国际化的历史机遇，积极开展国际交流与合作。1994年8月，教育部批准我校招收外国留学生和港澳台学生，至今已有20余个国家和地区的学生和医药技术人员来我校学习，已毕业的各类学历教育留学生及港澳台地区学生百余人。近年来，与美国哈佛大学医学院、日本金泽大学药学部、浜松医科大学、东京国立感染症研究中心、韩国大邱韩医大学、东义科学大学、加拿大安省中医学院、新西兰东方医学院、巴西若茵维莱大学、意大利东方大学等20多个海外教育、科研、医疗机构开展了联合办学和技术合作。逐年加大投入，不断改善办学条件。现有两个校区，占地面积亩，其中老校区占地面积亩，新校区占地面积亩。目前新校区建设已完成投资亿元。现有教学科研仪器设备总值万元，各类馆藏纸质图书829498册，电子图书万册。教学仪器设备、图书资料、教室、宿舍、食堂和运动场地均能较好地满足本科教学需要。学校竞争力和社会声誉不断提高。近三年第一志愿报考率均超过了100%，2003年为134%、2004年为102%、2005年为123%；新生报到率均超过95%；毕业生流向合理，年底就业率分别为、和，名列河南省普通高校前列。中央、省、市多家新闻媒体对我校整体发展、教学改革、思想道德教育、社会实践活动的成效和教师、学生的先进事迹从不同方面进行了广泛报道，总体社会评价良好。多年来，学校坚持科学发展观，推行教育教学、学科建设、职称评审、财务管理等改革，努力使教学、科研、学生、后勤管理科学化，提高了全体教职工支持教学、服务教学、投入教学的积极性和主动性。目前，我校正处于建设和发展的关键时期。面向“十一五”，全校上下正以本科教学工作水平评估为契机，全面落实发展规划，全力提高本科教育教学质量，努力创建本科教学工作优秀院校，使学校的教学质量和办学水平达到一个新的高度，努力实现把学校建设成为办学特色突出、国内外影响较大的教学研究型中医药大学的奋斗目标。2016年3月河南中医学院升为河南中医药大学。
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